Během posledního čtvrtletí roku 2008 proběhlo vypořádání došlých připomínek k návrhu nového občanského zákoníku. Uplatněno bylo více než tři tisíce připomínek, z toho téměř polovina byla označena jako zásadní. K návrhu zákona se prostřednictvím internetu mohla vyjadřovat rovněž nejširší veřejnost.

S ohledem na počet zásadních připomínek a rozsah návrhu byly postupně s dostatečným časovým odstupem svolávány vypořádací porady k projednání a vypořádání připomínek uplatněných k jednotlivým uceleným částem občanského zákoníku a na závěr byly projednány připomínky obecné. Celkově proběhlo 16 vypořádacích porad.

Vypořádání proběhlo na dvou úrovních, nejprve na úrovni ředitelů odborů, případně jimi pověřených zaměstnanců. Následně na úrovni náměstků příslušných ministrů, kde byly projednány (v některých případech rovněž v několika kolech) zásadní rozpory, které se z valné části podařilo odstranit a návrh nového občanského zákoníku je tak vládě předkládán pouze s následujícími čtyřmi věcnými rozpory:

1. Rozpor týkající senáhrady újmy za ztrátu radosti z dovolené (§ 2350). Ministerstvo spravedlnosti navrhuje uzákonit povinnost pořadateli zájezdu uhradit cestujícímu náhradu ztráty radosti z dovolené, tedy újmu toho požitku, kvůli kterému cestující využil služeb pořadatele zájezdu.
2. Rozpor týkající se pojetí zvířete. Ministerstvo spravedlnosti navrhuje, aby nadále bylo v zákoně zvíře výslovně vymezeno vůči věci, tedy jako něco jiného než věc. (I dnes jiné zákony stanovují, že je zakázáno zvíře týrat. Pokud bychom vycházeli z premisi, že zvíře je věc, nebylo by možné je týrat a toto týrání následně postihovat, neboť nelze týrat věc.) Naproti tomu je požadováno, aby i nadále bylo v zákoníku uvedeno zvíře jako věc.
3. Rozpor týkající se převodu vlastnického práva k movitým věcem určeným jednotlivě (§ 1005). Ministerstvo spravedlnosti navrhuje v novém textu zákona stanovit, že vlastnické právo k movité věci přechází už v okamžiku, kdy je uzavřena smlouva. Naproti tomu je požadováno, aby zůstalo zachováno převedení vlastnického práva k movité věci až okamžikem, kdy je tato věc novému vlastníku fyzicky předána.
4. Rozpor, který vznikl přijetím zásadní připomínky jiného připomínkového místa, týkající se nabytí vlastnického práva od neoprávněného (§ 1012). Zásadní otevřenou otázkou zůstává, zda má či nemá být právem chráněna osoba, která nabyla v dobré víře vlastnické právo k věci od nevlastníka, zejména pak v případě cenných papírů, které na burze změní vlastníka i několikrát denně.

Během vypořádání došlo k některým změnám v textu návrhu v závislosti na výsledcích jednotlivých vypořádání. Mezi ty nejdůležitější patří zachování stávajícího právního stavu v oblasti uzavírání manželství. Návrh tedy počítá s oběma formami uzavírání sňatků, a to buď civilní nebo církevní. Na návrh některých připomínkových míst byla též z osnovy vypuštěna pasáž upravující postavení registrovaných partnerů.

U převodu vlastnického práva k nemovité věci byla v konečném znění přijata varianta s intabulačním principem, podle níž k převodu dojde okamžikem zápisu vlastnického práva v veřejného seznamu, čímž se zachovává stávající právní stav.

      V oblasti osobních práv byla na základě připomínek neziskových organizací změněna koncepce omezování svéprávnosti. Napříště by tak již nebylo možné člověka zcela zbavit svéprávnosti, nýbrž bude možné jeho svéprávnost „pouze“ omezit. Každé toto omezení bude muset být u každého člověka přesně vymezeno, tedy soud bude muset určit, pro jaké druhy právních jednání toto omezení platí. (Tedy zda může například uzavírat pracovní smlouvu, ale nemůže nakládat s peněžními prostředky vyššími než 50 000,- Kč.)

      Po vypořádání všech připomínek a zapracování akceptovaných byl návrh předložen vládě, která se jím bude zabývat na jaře letošního roku. Aktuální znění zákona a důvodové zprávy předkládaných do vlády lze nalézt v záložce text návrhu zákona a důvodová zpráva.